A Tihanyi Bencés Apátságot I. András király alapította 1055-ben a Tihanyi-félsziget keleti peremén Szent Ányos és Szűz Mária tiszteletére. Az apátság alapító oklevele az egyik legrégebbi, eredeti formájában fennmaradt emlék, amelynek latin nyelvű szövegében magyar szavak, szókapcsolatok is felbukkannak. Az oklevelet a Pannonhalmi Főapátság levéltárában őrzik.
A tatárjárás nem okozott nagyobb gondokat az apátság épületében, így kiépítették a kolostort körülölelő erődítményt, de feltehetőleg védőfal is lehetett körülötte korábban. Leginkább a török-magyar harcok nagyobb változást a kolostor életében, 1534-ben a szerzetesi élet megszűnt, az erődítmény a balatoni végvárrendszer fontos részévé vált. Az ezt követő csaknem 150 évben minden tárgyi emlék elpusztult ami a szerzetesi élet jelképévé vált. Ezt követően 1674-ben a katonaság vissza adta a templomot, de egy váratlan tűzvész következtében, 1683-ban az épület romba dőlt, így a védőszerkezeteket is lebontották.
1719-ben megkezdték az újjáépítést, amikor eleinte csak két lakható szoba volt a kolostorban. A középkori épületeket lerombolták, és 1754-re megépítették a kéttornyú nagy barokk templomot. Ugyanebben az időben elkészült az új kolostorépület is. 1786-ban II. József császár feloszlatta a bencés rendet, a szerzeteseknek el kellett hagyniuk a kolostort. Később, csak 1802-ben térhettek vissza. 1950-ben egy állami felosztás következtében szintén csak el kellett hagyniuk a monostort, a plébánia megmaradt, először szociális otthonként, majd múzeumként funkcionált.
A Tihanyi Bencés Apátság 2012-től a Magyar Bencés Kongregáció egyedülálló perjelségeként működik. 2018-tól a monostor elöljárója Mihályi Norbert Jeromos. A monostorban jelenleg is tíz szerzetes él, akiknek feladata, hogy ellássák Tihany község és több környékbeli település lelkipásztor szolgálatát, valamint vendégfogadással, lelkigyakorlatok és kulturális programok megszervezésével is foglalkoznak.